2001年至2011年，按学校部署，部分校区非整建制学院逐批搬迁至广州，整建制学院相继落户珠海，学院由2000年的23个院系调整到现在的13个院系。目前，珠海校区有整建制学院7个，学生人数占校区总人数的75%，从本科到博士阶段的教育均在珠海校区完成；非整建制学院6个，本科教育两年（大一、大二）在珠海校区，两年（大三、大四）在广州南校区。
十五年间，校区教学设施逐步完善，在教学、科研、管理、人才培养等方面取得了喜人成绩，整建制学院的建设日益成熟，以当前社会需要为目的，理论与实践相结合的办学模式逐渐获得认可，各学院文化蓬勃发展。非整建制学院“两年珠海，两年广州”的学术过渡和行政管理日趋完善。独特的“回迁文化”是珠海校区发展中的一抹温柔，图书馆广场前的回迁砖承载了学生浓浓的不舍和强烈的归属感。15年风雨，13院（系）并肩，珠海校区将走得更远。
整建制学院
观山水之秀 明管治之理
旅游学院成立于2004年，以培养具有复合型、应用型特点的高素质旅游专业人才为目标，具有从本科到硕士、博士研究生在内的旅游管理专业的完整办学层次，教学和科研实力雄厚 。学院是全国首批旅游管理博士学位、旅游管理专业硕士（MTA）学位授予权单位，中国大陆首家通过联合国世界旅游组织(UNWTO)旅游教育质量认证的教育机构，联合国世界旅游组织旅游可持续发展观测点管理与监测中心依托机构，国家旅游局首批外设研究基地“中国旅游研究院旅游影响研究基地”依托单位和中国旅游协会旅游教育分会会长单位。
走国际化道路 塑应用型双外语人才
翻译学院成立于2005年，是一所以培养应用型双外语人才为宗旨的学院。学院现设有翻译系、商务外语系、对外汉语系、国际事务系、朝鲜语系、西班牙语系、阿拉伯语系和俄语系共8个系。翻译学院一直秉承“开放办学”的理念，积极地为学生开拓海外学习的机会。为了体现“双外语”的人才培养思路，学院尤其重视寻找非英语国家的高校合作伙伴。学院在研究生培养上已形成实用性教育与研究型教育相结合的办学模式。学院是国务院首批翻译硕士专业学位（MTI）授权单位，迄今毕业生138人。2009年，翻译学院招收了珠海校区首批科学学位硕士研究生，迄今毕业生60人，年平均就业率达100%。
纳百家学 行天下商
国际商学院成立于2006年，以国内一流、国际知名的商学院为奋斗目标，借鉴国内外高等教育和人才培养的先进经验，培养具备国际视野的高素质经济管理复合型人才。建院以来，学院形成诸多办学特色：灵活的专业选择；本科教学与国际接轨，研究生培养采取参与研究项目的方式，提升研究生的理论水平和科研能力；积极推进博雅教育；积极开展国际及港澳交流与合作；设置学生职业发展中心；因材施教，分类培养；强化培养学生的实践能力、团队精神和研究思维；在学校奖学金的基础上，学院再设院级奖学金，表彰优秀个人和团体。
研学并行 探海洋奥秘
海洋学院于2008年6月成立，致力于协同创新，寓教于研、寓教于社会服务，培养“博学专长”并具“国际视野”的创新型人才。经过学术凝练和结构优化，学院已实现按海洋科学一级学科招收本科生培养专业，建成了海洋科学一级学科硕士点、博士点、博士后流动站，形成了海洋生物资源保护与利用、海洋矿产资源形成机制与勘探、河流物质输入与海洋环境生态、河口海岸过程与工程、海洋生物天然产物与药物、计算海洋学与海洋模型等为特色优势的学科格局，并在海洋生物学、海洋地质学、物理海洋学和海洋化学等二级学科中铸就了一批较高水平的科学研究和人才培养平台。
聚中法之力 探核学奥秘
中法核工程与技术学院于2010年开始正式招生，它是在中法双方政府的直接推动下，由中山大学与法国以格勒诺布尔国立综合理工学院为首的五所法国工程师学校合作组建。学院引入法国工程师培养的精英教育模式，旨在培养国际一流的涉核相关产业的高级工程技术研发和管理人才，以服务于快速发展的涉核产业。学院在加强国际合作和交流，提升学院的国际影响力；推进实验室建设，打造一流的研发中心；加强校企合作，为学生创建实践平台；共建中法精品活动，促进中西文化交流等诸多方面做出不懈努力。
抓瞬息万变 建纵横脉路
为顺应移动信息产业的迅猛发展，中山大学于2012年6月建立移动信息工程学院并于9月迎来第一批本科生，2014年起正式招收研究生。学院致力于培养具有实战能力的移动信息工程与技术高端人才，推动移动信息产业发展。学院的教学、科研定位于移动信息相关的技术与工程，针对产业特点，面向产业需求及最新前沿技术，以移动信息领域核心知识为基础，强化国际竞争力为重点，移动信息工程开发与管理能力培养为特色，产业需求与新学科交叉融合为导向。针对产业特点，注重移动信息工程与技术的学习与实践，满足产业对优秀工程师在执行产业规范标准以及主流工具应用能力方面的要求。
踏丹霞之地 游银河之洲
地球科学与地质工程学院与中山大学同龄， 90年来为中国地质事业做出了重要大贡献，培养了陈国达院士等杰出学者。利用地理优势，与欧美和东南亚等国的大学建立广泛学术交流与人才培养联系。近年来，学院大力引进杰出学者，加快实验平台建设，在人才培养、科学研究及服务社会等方面都有了快速发展。现有3个本科专业、6个硕士点、地质学一级学科博士学位授权（含5个博士学位授权点）以及地质学博士后流动站。每年招收本科生约80人，研究生60余人，在校生500余人。学科专业与社会发展和国民经济建设关系密切，属国家重点领域紧缺人才专业，就业面广、途径多，就业率在学校排名前列。
非整建制学院
揽九天星斗 写千古文章
中国语言文学系建立于1924年，是中山大学历史悠久的学系之一。注重培养具有扎实专业知识、全球视野、创新精神的汉语言文学精英。中文系重视学生传统文化素质的涵育，从科研入手激发学生创新能力同时注重学术的提升和人格培养的结合，从而建立起一整套人才培养机制。本科一二年级教学地点设置在珠海校区。在本科一二年级的培养期间，中文系着眼于强化写作制度，要求大一学生写作百篇作文，大二学生写作八篇读书报告，并实施读书报告会制度，通过深度阅读和广泛阅读，启迪学生思考并提高写作能力。
以史为鉴 明辨古今
中山大学历史学系成立于1924年，是中山大学最早设立的学系之一，是国家人文社会科学基础学科人才培养与科学研究基地，并与海内外包括美国耶鲁大学、哈佛大学在内的近二十所著名大学或科研机构建立了广泛的学术交流与合作关系。历史学系师资力量雄厚，教学、科研水平优秀，系内历代学者认真治学，成就卓著，形成深厚、富有特色的优秀学术传统，使该系成为闻名海内外的学术重镇。历史学系本科一二年级的教学地点设置在珠海校区。
传思学术 探明哲思
中山大学哲学系建立于1924年，曾于1952年全国院系调整时撤消建制，之后于1960年复办，现哲学系本科一二年级在珠海校区教学。哲学系是教育部确定的全国哲学研究与人才培养基地之一，强调学术传承与独立思考相结合，培养高水平的专业人才。本科生开设全英文专业课，并坚持平均每周举行一次以上的哲学学术讲座，在校园内营造出十分浓厚的哲学氛围。数十年来，哲学系培养出一批又一批活跃于国内外学术领域的知名学者及众多政治、经济、文化界领导人才。
红灰精神在岭南
中山大学岭南学院秉承“作育英才，服务社会”的院训，发扬红灰精神，努力建设国内领先、国际一流的经济管理学院。学院下设经济学系、金融学系、国际商务系、财政税务系、经济管理系、风险管理与保险学系、物流工程与管理系七大学系。学院以通识教育和博雅教育为教学特色，本科一二年级统一培养，教学地点设置在珠海校区，开设“中国文明”、“西方文明”、“中文写作”等博雅课程，并开展“岭南大讲堂”等系列活动，培养学生的人文精神和全球视野。
问学中外 以语为帆
中山大学外国语学院在“问学、勤奋、探索、实践”的院风熏陶之下，不断贯彻精英培养方针，注重培养学生的熟练语言技能和其他相关能力。本科下设英语、法语、日语、德语四门专业。学院注重与国内外学府进行学术交流与合作，与香港岭南大学、日本福山大学、丹麦南丹麦大学、德国科隆大学等都有交换与联合培养等方面的合作。外国语学院本科一二年级教学地点设置在珠海校区。
看环球地理 论资源规划
中山大学地理科学与规划学院下设城市与区域规划系、国土资源与环境学系、水资源与环境系、遥感与地理信息工程系四大系，设有地理科学、资源环境与城乡规划管理、地理信息系统、城市规划、水文与水资源工程5个本科专业。学院师资力量雄厚，还聘请了中国科学院院士郑度等3人为兼职教授。同时，学院与美国、德国、加拿大、英国、日本、澳大利亚、挪威、新加坡等国家以及香港、澳门等地区的相关机构保持着长期稳定的交流与合作。地理科学与规划学院本科一二年级教学地点设置在珠海校区，本科二年级开始分专业进行培养。