生物医学工程学院是中山大学深圳校区“新工科”学院之一，致力于培养“背靠工科，面向医科”的医工复合型高端人才。自学院成立以来，坚持以立德树人为根本，紧密围绕学校“德才兼备、领袖气质、家国情怀”人才培养目标，通过选优配强学生工作队伍、实施本科生创新培育计划、推进党团班一体化建设、构建“点、线、面”学生工作指导体系等方式不断完善学院“三全育人”体系，加强“学在中大，追求卓越”优良学风建设，全面推动本科生升学深造工作。
选优配强学生工作队伍
学院高度重视学生工作队伍建设，引导优秀的青年教师担任辅导员工作，用最优秀的人培养更优秀的人，并通过研究生兼职辅导员协助开展党务、就业等专项工作。学院现有青年教师专职辅导员4名，党政管理专职辅导员1名，辅导员生师比为137:1。每位青年教师专职辅导员负责一个本科年级的学生管理工作，与党政管理专职辅导员共同做好学生的思想引领、价值引领、学业引领和奖助贷等各类学生管理具体事务。学院的青年教师辅导员和以学生学业发展为切入口，充分发挥专业优势，通过自身的成长经历，潜移默化引导学生追求学业进步，追求学术发展，坚定升学深造的意向。学院现有13个本科生班级，每个班级配备1名班主任，由相关研究方向的教授、副教授担任，学院的院领导、院长助理和高层次人才优先作为班主任人选。各班主任配合年级辅导员，全过程、全方位做好本班学生的思想引领、价值引领和学业引领。
实施本科生创新培育计划
学院针对生物医学工程专业交叉学科的特点，在本科生中实施“导师团创新培育计划”。“导师团”由学院教授、副教授牵头，助理教授、讲师、专职科研人员和博士后为骨干，学工保驾护航，通过项目制和双向选择的方式，让学院的本科生从大一开始即以分组方式进入科研实验室。在学生的指导上“导师团”打破原有“一对多”的指导方式，采用“多对多”的指导形式。从入学至毕业，针对不同年级，开展思想引导、学习指导、科研指导、生活指导、职业发展指导等全方位、个性化的指导。依托“导师团”，学院积极组织本科生参加全国生物医学工程创新设计竞赛。通过开展创新创业项目培养学生的创新能力、基本项目研发能力，并有针对性地加强对学生领袖能力的培养。
推进党团班一体化建设
学院注重加强学生党支部建设，由党委副书记担任本科生党支部书记，按年级设立三个党小组，支委会成员编入不同的党小组以加强支委会对党小组的指导。通过党小组联系各团支部和班级，形成纵横贯通的网格化管理体系，搭建党团班一体化建设框架，推动建立学院、班级、宿舍三级联动机制。此外，学院鼓励学生党员积极参与学院团委和学生会的工作，进一步发挥党员的先锋模范作用。通过引导、促进第一课堂和第二课堂的融合，将资源向思想引领、学术引领和体育锻炼等第二课堂活动倾斜；通过团学活动、班级活动、团支部活动，不断引导学生确立升学深造的意向。
构建“点、线、面”学生工作指导体系
学院以形势与政策课、年级大会、班会、团日活动等为载体，在“面”上开展学生的思想政治教育工作。通过师生交流工作坊、院领导午餐会、经验分享会、专题辅导会等形式，因材施教，在“线”上对某一类学生进行有针对性的辅导，例如组织考研成绩优秀的研究生为大四考研学生分享备考经验，组织海外经历丰富的教师为学生分享海外留学经验。对于高关怀学生，学院建立了较为完善的帮扶机制，一人一策，点对点为学生提供指导。通过构建“点、线、面”学生工作指导体系，全方位、全过程为学生成才成长服务。