团队合作 各展所长
14位本科生跨专业组队
SYSU-Software团队由生命科学学院、信息科学与技术学院、软件学院、数学与计算科学学院的江珊、郭捷昕、陈硕、温俊强、马倩珩等14位本科生组成,针对合成生物学家遇到的挑战性技术问题——如何整合高通量的生物信息数据去自动化设计和构建人工生物,开发了一个新的软件系统BiArkit。BiArkit软件系统由基因组放大镜(G-Lens)、基因组转换器(G-Switch)和基因组代谢网络(G-Meter)3大部分组成,可以从基因、组件和系统多个方面帮助合成生物学家设计和构建人工生物。整个软件系统从构想到实践再到最终的参赛展示,无一不体现出各个队员的学科特点和所长。
分工明确 优势互补
SYSU-Software团队根据成员各自优势进行了明确的分工。其中,队长江珊负责整个项目的设计和运行。队员苗纵和马倩珩均来自生命科学学院,他们分别负责基因表达调节器和代谢网络分析器中数学模型构造和算法设计的工作。负责设计Logo、软件美化等的辛敏慧同学本来是文艺风格的,但自己的得意之作屡屡被大家否决,后来认识到团队科技性、精确性的追求,其作品才慢慢被大家接受,她笑着比划:“最后成功的有这么多(画了一个小圈),但被否决的有这么多(画了一个大大的圈)”。团队展示所使用的Prezi软件,也是一个成员偶然发现其展示的优势而进行信息共享的,负责该部分的陈硕花了一个月自学并将其应用到团队展示中来,最后Prezi展示的良好效果也成为比拼的亮点之一。
来自信息科学与技术学院的郭捷昕和软件学院的温俊强同学负责编写七个功能块的软件代码,从7月份开始到比赛前夕郭捷昕同学每天工作多个小时。只凭借在公选课学习过的Java编程,与真正用Java来设计核心代码还有不小的差距,这就需要队员很强的自学能力和大量的时间付出。哈佛大学医学院、麻省理工学院Gil Alterovitz教授在详细询问了软件开发过程之后,主动邀请郭同学参加他的疾病预测多学科交叉项目。
在香港科技大学举办的亚洲区比赛和麻省理工大学的全球总决赛全部用英文展示,这对于团队成员的英语学习,也是挑战与机遇并存。
“做得越多,收获越多”
面对iGEM这样一个大型比赛,团队成员的个人素质和相互之间的配合是成功的关键因素。从2012年3月到11月5日比赛结束,长达8个月的时间,大量的工作,加之后期每周的集体讨论,明确进展和问题,不断进行修正,对本来就十分忙碌的团队成员是个不小的考验。可以说,在这样一个高强度、创意集中的任务中,大家都在不断地修正自己,理清最终目标,尽量高质量地完成自己的任务,这对于这个14人组成的团队并不是一件简单的事。俗话说:“台上一分钟,台下十年功”,他们背后默默的付出更让人赞赏。当被问及是否觉得为比赛付出的时间和精力太多时,郭同学说“做得越多,收获越多!”这可以说是SYSU-Software夺魁的很好注脚。
各方支持 协同创新
“中山大学作为一所一流的综合性大学,是有底气参加这项比赛的”
“组织SYSU-Software团队缘起于生命科学学院这些年一直力图发展生物信息学这个新兴专业”,有害生物控制与资源利用国家重点实验室(SKLBC)刘灵燕副主任如是说,“生物信息学对于生命科学学院来说是很重要的学科,这些年引进了一大批人才,加之中山大学作为一所综合性大学的优势,是有底气参加这项比赛的。”重点实验室一直把人才培养作为实验室的一项重要任务,并希望通过此次竞赛促进生命科学学院的生物信息学和合成生物学学科的进一步发展,积累宝贵的经验和培养一批优秀的后备人才。
开放融合 创新人才培养
国家重点实验室的一个重要特点就是开放融合。SKLBC历年开展的各项面向公众开放的活动(如参观、讲座及各类社会科普及专业培训等),得到了社会公众和有关机构的高度认可,其中SKLBC高中生暑期班入选2011年全国国家重点实验室社会服务典型事例。今年的SYSU-Software团队参赛,是实验室开放融合的再一次创新性尝试。团队的凯旋又一次印证了实验室主任徐安龙教授所说的“科研基地对本科教学应该具有积极的促进作用”。
从2012年3月开始,有害生物控制与资源利用国家重点实验室(SKLBC)便与广东省计算科学重点实验室联合发起并设立专项面向全校本科生招募参赛队员,并在学校网站上发出公告。共有65名来自生命科学学院、信息科学与技术学院、软件学院、数学与计算科学学院、中山医学院、翻译学院、国际商学院、海洋学院、逸仙学院等9个院系的学生组成9个参赛团队报名。同学们根据对这个大赛的理解,以组队形式选择研究项目,下了很大功夫。各团队均由多个院系的学生自发构成,反映出同学们对于外专业学科的知识渴求,综合性大学的学科资源为团队组队提供了有利的条件。
SKLBC组织专家初步遴选出8个团队进行培育,聘请贺雄雷教授、任间教授、黄盛丰副教授、杨建华副教授、张永东副教授担任指导教师,并提供10万元专项经费支持。经项目中期考核确定杨建华副教授指导的“以功能为导向的自动化设计新基因网络和生物体”项目作为本届iGEM大赛的参赛项目进行重点培育,并根据历届的队伍命名规则把参赛队取名为SYSU-Software。从创意的产生和设计,到最后项目实现,每位师生都投入了极大的热情和心血。他们在亚洲区赛和世界总决赛的出色表现为我校争得了荣誉,同时通过交流,展现了中大学子积极进取、团队合作、严谨踏实的精神面貌和研究态度,扩大了我校在国际同行中的影响。
队员们都说:“‘有害生物控制’是我们的坚强后盾”。
“杨建华老师所在的RNA信息中心是我们整个团队的战略基地”
团队的成功与指导老师们的付出是分不开的。杨建华老师负责整个项目的督导,其他的指导老师在整个备战中予以大力支持。无论是赛前还是赛中,杨建华老师全程参与,始终第一时间关注着他们的成长与进步。
项目开始,杨老师安排学生阅读文献和历年iGEM比赛的项目,每个星期召集学生讨论文献阅读中产生的新创意和整个项目的进展;教导生物专业的同学如何把新的创意和整个项目的构思以通俗易懂的形式让信息科学与技术学院、软件学院和数学与计算科学学院的同学理解,以此开发图形用户界面的软件。整个备战过程中,杨老师密切关注学生的心理变化,及时进行心理疏导,帮助学生树立信心。在香港科技大学亚洲区赛,杨老师每天早上5点多钟就带领学生从住处赶往比赛地点,全程陪伴学生比赛并及时解决比赛过程中遇到的问题。在麻省理工学院总决赛, 杨老师跨时差关注着比赛的进展, 从凌晨2点到5点实时关注着比赛的直播,给予队员们最大的精神支持。杨老师所在的国家重点实验室的RNA信息中心就是这个团队的第一战略基地。
“虽正值暑假,但仍然得到行政部门的大力配合和支持”
申请出国办理证件期间,正值暑假,但依然得到了学校教务处、团委、基因工程教育部重点实验室以及生命科学学院、数学与计算科学学院、软件学院、信息科学与技术学院的充分理解与大力支持。由于各行政职能部门充分协调,才得以使各项手续顺利办妥,为队员参赛提供了最大限度的保障和支持。没有各方面支持,SYSU-Software的夺金之路必然要艰辛很多。
赢在比赛 更赢在见闻
“要有一颗坚强开放的心”
走出国门和全世界的大学生交流,这是SYSU-Software团队的意外之喜。从八个月的默默努力,到走上MIT的领奖台,SYSU-Software经历了很多,也看到了很多。谈到世界名校初步印象,大家都说“风景很好”、“照片不用PS就很漂亮”,而最难忘的要数麻省理工学院的学术氛围,“一栋栋教学楼和世界顶尖科研所距离非常近,步行几分钟就可以走到。”江珊同学说。也许,这就是教学与科研相结合的例证,也是我们努力的方向。
谈及国内国外参赛团队的差别时,队员们普遍认为,就目前来看,在科学研究方面差异不大,使用的方法技术等也有很多相似之处,但是国外大学的研究机构集中,校友的资助是让大家羡慕的。
陈硕在其他成员回国之后拜访了美国的一些中国留学生,颇有感慨地说:“在美国,一要英语好,二要有一颗坚强开放的心。在美国读博,一般都有工资,维持基本生活问题不大。但攻读硕士如果没有奖学金、助学金等资助,学生一般都需要半工半读,而像生命科学、信息科学这样专业的学生本来学习就很忙,因此面临的挑战还是很大的。所以想出国留学的同学最好先做好心理上的准备,要有一颗‘坚强开放的心’。”
新闻链接:
近日,iGEM全球总决赛在美国麻省理工学院(MIT)举办。共有来自全世界40多个国家的190多支队伍参加,包括MIT、Harvard、Cambridge、Berkeley、Stanford等世界顶尖大学的代表队;亚洲区的东京大学、东京工业大学、香港科技大学、香港中文大学、北京大学、清华大学、中山大学、中国科技大学和上海交通大学等知名高校均组队参赛。
我校SYSU-Software团队继勇夺亚洲赛区金牌之后,再接再厉,获得软件组的最佳iGEM软件框架应用(Best Clotho App)和最佳基因组编译器设计(Best Genome Compiler-Based Design)两项大奖(共设立七项大奖),成为亚洲区在本届全球总决赛中获得奖项最多的队伍,取得我校参加iGEM比赛以来的历史性突破。
知识链接:
合成生物学顶尖赛事-国际基因工程机器设计大赛(International Genetically Engineered Machine Competition,iGEM)已成为合成生物学领域的国际顶级大学生科技赛事。每年的竞赛都受到Nature,Science,Scientific American,Economists等杂志,以及BBC这样的传统媒体的关注并进行专题报道,已具有相当大的国际影响力。