1898年成立的北京大学是中国近代第一所国立综合性大学；1924年孙中山在广东高师等校基础上亲手创办国立广东大学（下面简称广大，次年为纪念中山先生，更名中山大学）号称西南最高学府。两校天南地北，远隔数千里，似乎交集甚少，实则在不同历史阶段在政治革命、学校创建、人员往来、学科互补等方面，合作提升，互相成就，渊源颇深。其中，北大对中大影响尤大。
1916年蔡元培校长对北大进行革命性的改革，并在相当程度上促成了五四运动爆发。孙中山不仅坚定了犹豫不决的蔡元培出长北大的信心，而且接见许德珩等参加运动北大学生代表，高度赞赏他们爱国行为。1921年在原北大文科学长陈独秀指导下，谭平山、谭天度等北大毕业生在广东高师成立广州共产主义小组，使之成为广东共产党组织发源地。
北大校长和多位名教授是广大和中大创办筹备人。李大钊、蒋梦麟、胡适、王世杰、顾孟余、周览等被聘为广大的筹备委员；而中大筹备特聘委员则包括蔡元培、蒋梦麟、徐谦、顾孟余、沈兼士、沈尹默、李书华、陈中凡等人。1924年广大全校教职员工中有24人来自北大。当年7月，北大与广大联袂发起全国性的国立大学联合会，以为各校“集思广益、改进校务、交换教授”。北大毕业生时钦则以《广东大学与北京大学》为题，在《广州民国日报》连载长文，将北大、广大分别形象比作稳健行进的“驴子”和快速发展的“摩托车”，呼吁以老大哥北大作为他山之石。
1926—1928年，由于北洋军阀压迫，作为位于国民革命中心广州的中大成为大批北大师生北雁南飞的首选之地，出现中大办学北大化景象（黄丽安博士语），在文科专业上最为明显。在学校领导层五位委员中，朱家骅（后为校长）、顾孟余、徐谦、丁惟汾等4人来自北大；在院系负责人方面教务长兼中文系主任鲁迅、文学院长兼哲学系主任傅斯年、历史系主任萧赖鸣。来自北大的名教授有许德珩、汪敬熙、顾颉刚、董作宾、罗常培、罗庸、俞平伯、丁山等20多人，极一时之盛。特别是傅斯年、顾颉刚等人仿北大国学研究所创办语言历史研究所，实为后来闻名于世的中研院历史语言研究所前身，开创了新式的历史学、语言学、民俗学等跨学科研究方法，对中大乃至中国近现代学术均产生了深远的影响。
九一八事变后，华北反日消极，中大则被誉为抗日大本营，成为吸引北方学者南来的又一次契机。其中来自北大吴康（文学院院长）、朱谦之（历史系主任）、朱希祖（历史研究所所长）以及容肇祖、李苍萍等等北大师生继续在文科中扮演重要角色。尤其是朱谦之（字牵情）以历史系为据点，在吴、朱的大力配合下，进行课程革新，发行《现代史学杂志》，以关注现实的“考今”为目的，发起反日的南方文化运动，形成了“现代史学”流派，进一步推动中大跨文理科的研究学风发展。得益于创校人孙中山这一金字招牌感召以及来自北大师生努力等因素，创办仅10余年的中大学术与教育水平快速提升，一跃为当时驰名中外的一流大学，1935年更与北大一起，同样以三个研究所六个学部携手跻身教育部首批设立研究院的三所国立大学之一。
中大语言学系、哲学系整个建制调往北大。1950年代初新中国对高校进行院系调整，中大哲学、语言学等优势学科分别外调北大。哲学系在系主任朱谦之带领下全部调迁到北大哲学系，使致力于“东学西渐”东方哲学研究成为该系三大特色传统之一。1954年语言学系主任王力（1946年从北大到中大担任文学院院长）率岑麒祥等教授，将中国当时唯一语言学学系48人全部合并到北大中文系，培养了郭锡良、黄伯荣等语言学名家。同年11月，恰逢中大10周年校庆，刚调整到北大中文系同学受该校争做模范生热潮的影响，致函《中山大学周报》，表示要“用争取做模范生的实际行动来庆祝母校校庆”。