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贺雄雷课题组开发估算祖先细胞群体大小的算法TarCA
用于揭示早期细胞命运决定


本报讯(通讯员/熊丽娜)2月20日,中山大学生命科学学院贺雄雷课题组在Nature Methods上发表了一篇题为A statistical method for quantifying progenitor cells reveals incipient cell fate commitments的文章。该研究基于近年来逐渐成熟的细胞谱系追踪技术构建的发育细胞谱系树(developmental cell phylogeny),结合群体遗传学的经典溯祖理论(coalescent theory)思想,建立了一种估计祖先细胞群体大小的统计方法TarCA (targeting coalescent analysis),以此来研究胚胎发育过程中细胞群体的动态变化。

总的来说,TarCA算法可对任意细胞群体估计祖先细胞数目,而无需事先获得祖细胞的先验信息,也能推算少数细胞中的驱动基因,以此来预测早期细胞命运的分化倾向。这些发现说明TarCA能促进包括人类在内的所有复杂生物组织的谱系多样性的量化,对其建立定量模型至关重要,可以帮助人们解决个体发育可塑性和衰老相关的组织功能退化的问题。这项工作是经典进化生物学与现代细胞发育生物学融合的一个典范。

中山大学生命科学学院贺雄雷教授为该论文的通讯作者,课题组博士后邓善俊与博士毕业生龚晗为共同第一作者。该研究得到了国家重点研发计划与国家自然科学基金的资助。

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