正如我们后来所熟知的，李安在《少年派的奇幻漂流》中讲述了三个截然不同的故事。异国记者采访多年前罹遇海难又奇迹获救的印度人派，派于是向记者回忆了两个不同版本的传奇故事，一个是人与虎的海上奇幻漂流，一个是人吃人的残酷历险。这两种说法均存在自相矛盾处，这也将我们引向一个更加隐晦的第三层故事。本文我们将从电影中最重要的喻象——林中莲花入手，逐层剖开李安在电影中的思想表达与情怀。
宗教
“信仰就像一座房屋，可以有很多楼层，很多房间。
那有怀疑的空间吗？
当然，怀疑在每一层都占了几间。怀疑令信仰永葆活力，每经过一次怀疑，信仰的力量就会更加显现。”
在《少年派》中李安讲了两个故事，然后问观众，你们更喜欢哪一个。影片中记者回答说第一个，派笑了，说“所以你跟随上帝。”大多数无神论者很难理解虔诚的信教者，我们在看到少年派虔诚地在自家门前向神行礼时会暗自嗤笑。然而当剧情推展，当少年派在茫茫海面上面临人类与永恒天地的对峙，道德约束与本能欲望冲突之时，无神论者发现自己正身陷一个信仰的泥潭。
有神论者相对更容易面对伦理挑战，依据宗教教义他们清楚地明白什么可做什么不可做，他们肯定“食某种动物的肉是不道德的”，因为教义中就是这样写的；但是对于无神论者而言，道德的判断则基于一个庞大的复杂的伦理体系，他们没有教义可依赖而选择相信自己的理性判断，而理性又常常带领他们走向道德的困窘。在《少年派》中，李安将人从日常社会中抽离出来，剥离社会文明环境，直接拷问人的内心，你是选择道德地死去还是食人以生存？
出于生存的本能，大多数人会选择食人。然而这样之后，坚持理性的无神论者往往无法经受道德的折磨，走向崩溃的边缘；而宗教信仰者却反而能够在神的身上寻求忏悔，获得救赎。这是一个极具反讽意味的现象：人类信仰宗教，服从教规以忏悔前世罪行，但当人们真正在现世犯罪，神又成为救赎工具与人类心灵的超脱物。也许正基于这样一种矛盾，李安镜头下的少年派是一个泛神论者，他信仰四种宗教：印度教、基督教、伊斯兰教、犹太教。
关于宗教的讨论一直贯穿影片始终，从最开头印度教祭祀活动与诸神传说，到后来少年派对基督教、伊斯兰教的接触，在中学选择π这一数学符号作为自己的名字，到获救后皈依犹太教，宗教成为内心与外界的重要沟通纽带。也许信仰哪一种宗教根本不重要，重要的是派要有一个理由可以拯救自己的内心。在印度传说中，莲花是毗湿奴良善与仁爱的象征，也是母亲思念与牺牲的化身。事实上，我们都清楚第一个故事只是派的美好幻想，第二个残酷的食人故事才更接近真相，甚至我们能战栗地推出第三个食母的故事，因为那更符合逻辑。区别只在于有神论者选择第一个故事，而无神论者却相信第二或第三个故事。也许这正是李安要表现的宗教信仰，我们信仰神不是因为没有怀疑，而是因为我们无所依靠。
人性
“我记得那天发生的所有事情，但我却记不起来最后的道别。”
派讲述的第二个故事是一个残酷的人吃人的经历。相较于李安花费一个多小时描绘第一个奇幻的故事，他对第二个故事的展现吝啬到一个镜头都不给。在第一个故事中吃掉同船动物的老虎，事实上就是派自己，之前似乎并无深意的打趣细节都成了伏笔，往复的镜头一幕幕串联起来，我们在真相被揭出的那一刻头皮发麻。
而无论在理论上应该以效益为先还是规则为先，人类强烈的求生本能不会变更。在《少年派》中，老虎作为派的另一人格而存在，那是他的本能欲望。后天的教育与信仰教会派什么是社会秩序，告诉派要遵守戒律，要素食，他也的确那样做了。船上的食人之举正是出于求生本能。也正由于对宗教的虔诚，派最终又在自己的脑中幻想出另一段奇妙的旅程，并让自己遗忘掉真实的残酷旅程。
有深意的是少年时候的派在讲第一个故事时没哭，讲第二个故事时却泣不成声；而中年的派在讲第一个故事时眼含湿润，在第讲二个故事时却意外地平静。这也许是人性的自愈，也许是莲花的顿悟。
李安的儒家情怀
人生也许就是不断地放下，但遗憾的是我都没能与他们好好地告别。
如果我们在人生中体验的每一次转变都让我们在生活中走得更远，那么，我们就真正的体验到了生活想让我们体验的东西。
从第二个故事的漏洞中可以很轻易地发现一个恐怖的问题——母亲的下落不明，而最可能的情况是，面临死亡，派吃掉了自己的母亲。一旦我们深一步进行分析，串联起第一个故事中的种种细节，我们会发现，故事中更深一层的内容被遗忘所掩盖，李安用隐笔把这个故事埋藏了。如果说第二个故事中食人面临着人性的拷问，那么第三个故事中的食母则更加面临伦理与心灵的诘责。在关于宗教与人性的讨论表象下，李安埋下的是更深入的关于家庭与伦理的逼问，是一种根植于华人内心的儒家传统解决方式。
回到影片的开始，李安不吝镜头细腻地刻画父亲的理性教育与母亲的柔和聪慧，添之以少年派内心的丰富多姿，使得整个故事背景有了华人所熟悉的色彩。而在结尾，派的妻子儿女的突然出现，则更像是为整个故事所做的一个注脚。经历如此残酷、直面自己最可怕最深层的本性后，派竟然营造了一个幸福的家庭。这反映出的正是李安埋藏在派的故事中最深层的情感——关于家庭与伦理。
“我相信父亲所说的是正确的，老虎不可能真正成为我的朋友，但我始终相信，老虎的眼中所反映的我，甚至多过我自己的倒影，我懂，我知道，即使我无法去证明。”他的眼泪涌出，“我将印度和整个生命看做一种放手的艺术，然而最令我难过的，不是分别的时刻，而是我再也没有机会感谢我的父亲，感谢他所教会我的一切，告诉他如果没有他的教导……我将永远不会存活下来。”
在李安细腻而克制的刻画中，派对于家人的矛盾情感与内心的永不妥协构成其心底里最深的一根刺。我们将如何处理自己与最挚爱的人的关系，我们又将怎样面对自己与家庭，这是影片中隐含着的一个问题。影片的结尾隐晦地暗示出李安的解决方式，对于一个信教者而言，神会宽恕他的罪行，会给予他以解脱；然而对于一个儒者而言，即使是最糟糕的事情也不会让他变得厌世，亦绝不相信宗教，而是变成一个更加强大的自己，能让自愈所有的伤痛。对于一个泛神论者的派，我们很难定义他是否依旧是传统意义上的虔诚者。与其说是宗教拯救了他，不如说是李安自身的文化背景决定了派的自我救赎。而这一种文化精神，根植于每一个华人的内心。