附属六院的胃肠专科特色优势于2009年获得省卫生厅认可，增挂了广东省胃肠肛门医院牌子。医院还设置了国内首家盆底疾病研究中心，盆底功能评估最为齐全；炎性肠病外科诊疗中心每年收治的外科病例数在国内前列。开设华南地区首家直肠癌联合诊治中心和炎症性肠病联合诊治中心，强调个性化治疗，多学科联合，将诊断从住院部病床前的多学科联合会诊直接提前到门诊，让患者在门诊就诊时就能够享受到多学科联合诊疗。配备了省内最先进的消化内镜中心，食管、胃、胰、小肠、结肠等疑难复杂恶性肿瘤综合治疗效果显著。
附属六院拥有国内最高水平之一的结直肠癌会诊诊治中心。低位直肠癌的保肛率达80%以上，远高于国内外平均50%的水平。对于超低位直肠癌的患者，在部分合适病例中，肿瘤距离齿状线仅有1.5cm也成功保肛并获得长期无瘤生存。结直肠肛门外科又细分为结直肠癌、炎症性肠病、放射性肠炎、便秘、肛周良性疾病等十个亚专科，分科齐全，能提供专业诊治、专业护理、专业服务。
努力打造了一个医疗设备和技术先进、齐全，以治疗病种覆盖全部消化系统内科疾病（食管、胃、肠、肝、胆、胰），又以炎症性肠病（溃疡性结肠炎和克罗恩病）诊治全程随访，以及消化道肿瘤从早期诊治至晚期介入治疗一体化为特色的消化内科医学部。与消化内镜中心、炎症性肠病中心、临床营养中心、胃肠外科等专业医疗团队共同对消化系统疾病提供规范的一体化诊断、治疗和随访。从疾病的诊断、药物治疗与预后的评估、营养咨询与支持治疗、心理辅导沟通到外科沟通与协作、出院后的长期随访，提供最优质的专业化服务。
另外，落户附属六院的中山大学胃肠病学研究所现为省级重点实验室，承担各类研究项目近百项，其科研项目荣获国家级、省级等多项嘉奖，其中“直肠癌保功能手术提高患者生存质量的系列研究”与“结直肠炎症与肿瘤的基础与临床系列研究”分别荣获2007年度及2011年度广东省科技进步一等奖。承办的国家级中华牌杂志《中华胃肠外科杂志》，其影响因子在普通外科系列杂志中排名第二，已被中国科学院引文数据库（CSCD）收录；承办的英文期刊GastroenterologyRepor也正式被MEDLINE收录。
作为专家组组长单位之一，附属六院协助卫生部完成了《结直肠癌诊疗规范（2010年版）》、《炎症性肠病诊疗规范（2013年版）》的制订工作。牵头在广东开展“广东省医学会学术直通车暨结直肠癌诊疗规范培训”工作，举办肛肠外科、炎症性肠病全国高级研修班，进一步奠定了附属六院在全省乃至全国胃肠专科领域的龙头地位。
附属六院“胃肠肛门专科”的品牌影响力，还可从患者的结构中明显看出来。目前整个医院60%的患者来自广州市外，40%的患者来自广东省外；如果单单考量胃肠肛门专科这一块，50%以上的患者都来自省外！许多患者都是辗转千里、慕名而来。
有研究指出，目前有70%的肿瘤患者其实并不适合采用化疗的方式，如果能把这部分人通过检测方式分离出来，将能为患者节省费用，并减少他们的痛苦。基于此，附属六院与诺贝尔奖获得者亚利桑那大学LeeHartwell教授合作，共建起国内第一个“结直肠癌个体化治疗研究中心”，目的就是解决这一世界医学难题。医院还在国内率先开展提高克罗恩病合并肛瘘治愈率的临床实践和科学研究，已取得重大进展。
在此基础上，医院积极开展多渠道国内外的交流与合作，与国外多个著名的胃肠疾病中心建立了长期友好的双边交流和合作关系，邀请国内外知名专家教授定期来院讲学，保证了诊疗技术、科学研究和学术活动与国际先进水平同步。
在注重专科发展的同时，齐全的科室设置是附属六院持续发展的重要保障。医院目前设有内科、外科、妇科、产科、儿科等14个二级学科和41个三级学科。还设有天河区员村街社区卫生服务中心，致力于为员村街14个居委会5万5千本地居民及4万余流动人口提供集预防、医疗、保健、康复、健康教育、计划生育指导为一体，方便、优质、价廉、连续的社区卫生服务。2011年9月，当时的省卫生厅同意将中山六院纳入新一轮区域卫生规划并按三级医院设置。至此，附属六院真正迈进了“三级医院”的行列！
为了学科的发展，附属六院专门“开辟”北院区，设置生殖医学中心及影像检验中心。开设的生殖医学专科仅开张一年，就成功开展1500例试管婴儿，且试管婴儿的成功率超过了50%（国内医院一般只有30-40%），孕妇平均年龄为34岁（一般为28岁）。中心还成功完成了全国首例、世界第十例的卵巢组织移植手术。在硬件实力、治疗技术的成功率和稳定性、解决疑难病能力方面已经处于领先地位，并独创了先进的医疗服务方式。
附属六院还配置了血液净化中心，拥有世界一流品牌血液透析机60台和CRRT机两台，保证透析治疗可靠,腹膜透析患者生活质量、维持时间保持国内领先地位；在耳鼻喉科的基础上成立临床听力中心，开展电子耳蜗植入手术听力重建等工作，辐射范围达东南亚地区；影像检验中心引进目前国际上最先进的检查设备，提供集健康咨询、检查、诊断、教育、管理等一体化的预防保健服务；此外，医院还设置有盆底疾病研究中心、睡眠呼吸障碍诊疗中心、围产医学中心、临床营养中心、生物反馈治疗中心，功能日趋完善。